HE染色即苏木素-伊红染色法（hematoxylin-eosin staining），酸性染料伊红使细胞质以及胞外基质呈现红色，碱性染料苏木素则使细胞核内染色质和胞质中的核酸呈现蓝紫色。
间苯二酚碱性品红与铁形成一种很深的色淀复合物，其游离的氨基与弹性纤维内的氢键牢固结合呈紫蓝色。该颜色不易脱色，并能很好保存。
分枝杆菌细胞壁含脂质较多,其中主要成分为分枝菌酸,此物具有抗酸性,染色时与石碳酸复红结合牢固,能抵抗酸性乙醇的脱色作用,因此抗酸菌能保持复红的颜色,达到染色目的。
苏丹黑B是一种脂溶性染料，可溶解于脂类中，使细胞内脂类着色而显示出来。对中性脂肪，尤其对磷脂的亲和力更具有特异性，不仅能显示大的脂肪滴，而且可显示微细结构中的隐性脂类。
碱性磷酸酶（AKP）的显示方法最早由Gomeri（1939） 提出，现在这种方法称为Gomeri法。碱性磷酸酶是指磷酸单酯酶Ⅰ，它能在pH8.6~10.0的最适条件下分解磷酸单酯，对于与磷酸相接的醇基没有特 异性，Gomeri法是让该酶在碱性条件下，分解甘油磷酸钠，产生磷酸根。
能将淀粉染成蓝色， 蛋白质染成黄色， 同时也是植物组织化学鉴定的重要试剂。
黑色素为内源性色素。正常情况下,存在于人体的毛发、皮肤、以及眼的虹膜、睫状体、脉络膜等处。在病理情况下,存在于成黑色素细胞以及肿瘤的黑色素细胞中。Masson--Fontana 氏黑色素染色法的基本原理是:硝酸氨银经黑色素的作用还原为黑色的金属银。
微生物染色的基本原理，是借助物理因素和化学因素的作用而进行的。物理因素如细胞及细胞物质对染料的毛细现象、渗透、吸附作用等。化学因素则是根据细胞物质和染料的不同性质而发生地各种化学反应。
