抗酒石酸酸性磷酸酶染色,又称Trap染色，是用于检测骨、骨细胞中破骨细胞的染色，使破骨细胞呈红色，细胞核浅蓝色，用以显示破骨细胞的分布及数量变化。
β-半乳糖苷酶是一种常用的报告基因分子，通过原位染色，在普通的光学显微镜下就可以用于检测到β-半乳糖苷酶的表达。
PAS+萘酚黄S染色，石蜡切片技术里用以观察植物组织中淀粉纤维素等糖类成分的分布，以及一些蛋白的分布和含量的检测。淀粉粒呈紫红色颗粒，细胞壁呈紫红色，蛋白质呈黄色
骨染色方法有很多种，例如甲苯胺蓝法、阿利新蓝法、番红O法、Goldner三色染色法等。Goldner三色染色又称戈德纳三色染色，与Masson三色染色类似，三色染色通常是指染胞核和能选择性的显示胶原纤维和肌纤维。
显示DNA的传统方法是富尔根（Feulgen）反应，切片先用稀盐酸处理，DNA经弱酸（1mol/L HCL）水解后，在60℃条件下使DNA分子中脱氧核糖与嘌呤之间的连接打开，脱氧核糖的一端释放出醛基，并在原位与Schiff试剂反应生成紫红色产物。
维多利亚蓝(Victoria Blue,VB)的主要成分为含有丰富的二硫键(R-S-S-R)的糖蛋白，强嗜酸性易于染色液中的碱基结合,特异性着色弹力纤维，胶原纤维一般不着色。常用于心内膜弹性纤维异常增殖和高血压小动脉壁增厚等显示。
刚果红筛选主要是根据菌落降解纤维素,可以形成降解圈,氯化钠冲洗再烘干后可以让降解圈看的更清楚,更易观察、它可以与像纤维素这样的多糖物质形成红色复合物,但并不和水解后的纤维二糖和葡萄糖发生这种反应.在含有纤维素的培养基中加入刚果红染色后,再Nacl用漂洗,Nacl可以使结合不牢的刚果红洗去,这样就留下大大小小的透明圈。
胶原纤维在HE染色法被染成粉红色，除此之外，它还可以用一些阴离子的染料来进行染色，如用淡绿可把它们染为绿色，用甲苯.胺蓝可将其染为蓝色，在网状纤维染色中，如不加以处理，它又可被染为棕黄色。常用的特殊染色法有Van Gieson.Masson和Mallary等方法。在免疫细胞化学染色中，胶原纤维由于含的负电荷过多，常导致某些非特异性的染色，应特别注意。
